ガラパゴ数学という名は、「隔離空間で独自に進化した数学」という意味で ガラパゴス（諸島）+ 数学 より命名された。英語表記の Galapagothmetic は Galapagoth + Arithmetic を語源とし、数学（mathematics）の中でもとりわけ数の概念や演算の論理的手続きを明らかにするという意味合いで算術（arithmetic）の語が用いられている。
ガラパゴ数学は既存の数学とは全く異なる思考体系を持つことに注意されたい。ガラパゴ数学は既存の数学とは大きく異なる思考体系を持つことに注意されたい。
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